Après fermentation, les vins blancs sont gardés en fûts pendant plusieurs années avec un minimum de six ans et trois mois (jusqu’à dix ans). Les levures (Mycoderma vini) forment une pespèce de peau qui colore le vin. La garde en fûts accentue encore cette coloration. La levure Mycoderma vini a permis, entres autres, à Louis Pasteur, natif du Jura, de réaliser ses travaux sur l’action des bactérie.
Après filtrage, ces vins gardent un goût particulier (vins jaunes du Jura).
Les principales appellations sont côtes-du-jura, arbois, l’étoile et château-chalon, et existent depuis 1936.