La plus connue des appellations d’origine du Jura s’applique à tous les types de vins produits sur douze communes de la région d’Arbois (Abergement-le-Grand, Arbois, Les Arsures, Les Planches-près-Arbois, Mathenay, Mesnay, Molamboz, Montigny-Lès-Arsures, Pupillin, Saint-Cyr-Montmalin, Vadans et Villette-lès-Arbois). Il faut rappeller l’importance des sols dans cette zone et la qualité particulière des rosés.
Les vins rouges sont issus des cépages trousseau et poulsard. Le trousseau donnent aux vins une belle robe, avec beaucoup de corps et de garde. Le poulsard offre un vin rouge délicat, alcoolique et d’une belle robe qui prendra une teinte « pelure d’oignon » en vieillissant. Les vins rouges peuvent se garder jusqu’à trois à cinq ans. Réputé notamment pour ses vins de poulsard, le village de Pupillin peut faire figurer son nom sur les étiquettes à coté de celui d’Arbois.
Les vins blancs sont issus des cépages chardonnay, pinot blanc (très rare) et savagnin. Ils peuvent se garder de trois à cinq ans.
Les vins jaunes sont issus du cépage savagnin uniquement. Ils peuvent se garder sans limite dans le temps. Ils résultent de l’élevage du savagnin pendant six ans et trois mois minimum « sous voile » : ces vins sont en effet élevés sans ouillage (l’ouillage est l’action de rajouter du vin dans un contenant pour éviter l’oxydation, due à l’évaporation d’une partie du vin qui laisse sa place à l’air: la part des anges). Un tel procédé requiert beaucoup de temps et fait perdre environ un tiers du vin, d’où le fait qu’il soit embouteillé dans des clavelins, bouteilles propres au vin jaune de 62 cl.
Les vins de paille : les raisins passerillés doivent alors avoir une richesse en sucre supérieure à 306 grammes et le vin doit titrer 14,5% vol. On produit également du macvin du Jura et du crémant-du-jura, appellations pouvant être produites sur tout le territoire viti-vinicole du Jura.